Si bien en los últimos años se ha producido un aumento de la cantidad y cobertura de las instituciones privadas proveedoras de educación superior en Uruguay, la oferta se encuentra concentrada en la Universidad de la República, la única universidad estatal. El 88% de la matrícula universitaria del país está concentrada en ella y presenta la oferta de áreas de conocimiento más diversificada. Estimaciones para 1998 muestran que el gasto público en educación terciaria ascendió a 0,5% del Producto Interior Bruto (PIB) y el gasto privado al 0,2% del PIB. A raíz de ello, es posible afirmar que la proporción de recursos públicos que Uruguay destina a la educación superior es relativamente baja en términos comparados. La evolución del gasto por estudiante en la década de los noventa y la importante pérdida real del presupuesto universitario en 2002, determinan que el gasto por estudiante se encuentre actualmente dentro de los niveles más bajos de la última década. El salario universitario ha mostrado un deterioro real en los últimos 15 años, incluso en momentos en que los salarios medios de la economía mostraban crecimiento.
El financiamiento de la Universidad de la República es altamente dependiente del presupuesto nacional, a su vez con heterogeneidad a nivel de sus distintos servicios la Universidad de la República obtiene financiamiento extra-presupuestal de diversas fuentes (en 2000 se estimó que ascendía a un 9% de la asignación presupuestal total). A partir de 2001, se crea como fuente de financiamiento complementaria un impuesto específico sobre determinados profesionales universitarios egresados del sistema público. Por su concepción, el sistema podría asimilarse al pago de una matrícula diferida. A través de diversos programas, la Universidad de la República financia actividades de investigación mediante fondos concursables, que en 2000 representaron el 2% de la asignación presupuestal. Las universidades privadas mantienen como fuente de financiamiento principal los ingresos por matrícula, que se estima representan más del 90% de su presupuesto.
El crédito educativo de instituciones bancarias para el financiamiento de la educación superior tiene escasa utilización, y por el contrario predominan los planes de pagos ofrecidos por las propias universidades. Las universidades privadas cuentan con sistemas de becas o subsidios que cubren hasta el 80% del valor de la matrícula y son otorgadas en base a rendimiento académico y situación socioeconómica del hogar del estudiante. La Universidad de la República cuenta con un sistema de becas de apoyo económico para las
que califican estudiantes de contextos socioeconómicos desfavorables. Estas se financian a partir de la recaudación de un impuesto a los profesionales de la Universidad de la República y a los egresados del sistema educativo público terciario dedicado a la formación
profesional. Los casi 3.700 beneficiarios del año 2004 reciben un subsidio de 2 salarios mínimos nacionales mensuales (unos US$ 86 a enero de 2004) durante 10 meses.
Una estimación de la rentabilidad privada de la inversión en educación, especialmente realizada para este trabajo, arrojó como resultado para una carrera de 4 años de duración una tasa de retorno media del 12% anual. Esta estimación fue realizada asumiendo que al cabo de su carrera el profesional accede a un puesto de trabajo con una remuneración similar al promedio de los trabajadores con nivel educativo universitario.